macOS 10.15 CatalinaにCmdStanRをインストールする方法、エラーへの対処法

macOS 10.15 CatalinaでRStanがまともに動かなくなって苦労したので、CmdStanをインストールしCmsdStanRをインストールして使ってみることにしました。

実際にインストールする上でエラーが生じ。困ったことがあったので、それについても合わせて記載しておきます。

CmdStanとCmdStanRのインストール

①RStudio上でインストールする方法

devtools::install_github("stan-dev/cmdstanr")
library(cmdstanr)
install_cmdstan()

RStudio上でインストールする場合は、上記のコマンドを一行ずつ実行していきます。

ちゃんと” Finished installing CmdStan to /Users/somemasu/.cmdstanr/cmdstan-2.23.0″とでていれば良いのですが、筆者の場合エラーをはいてしまいどうにもなりませんでした。もしエラーを吐いた場合は、下の「エラーの対処法」を参照してください。

②ターミナルからインストールする方法

まず、上のサイトから”cmdstan-2.23.0.tar.gz”というファイルをダウンロードし、ダウンロードフォルダに入っていることを確認しておきます。

cd /usr/local
sudo tar zxf ~/Downloads/cmdstan-2.23.0.tar.gz
sudo /usr/sbin/chown -R $USER cmdstan-2.23.0/ 
sudo /usr/bin/chgrp -R admin cmdstan-2.23.0/
cd cmdstan-2.23.0
make -j4 build

あとはターミナルで上から順番に上のコードを一行ずつ実行するだけ。

install.packages("devtools")
devtools::install_github("stan-dev/cmdstanr")

インストールが完了したら、devtoolsからcmdstanrをインストールします。パッケージのインストールが完了すれば利用可能。

ちなみにターミナルからインストールするのは、上の記事を参考にしています。

もしコンパイルなどでエラーが発生する場合は下の「エラーの対処法」を参照してください。

コンパイルできないなどのエラーが生じた場合

まず、キーボードの”Shift”+”Command”+”.”を押して、隠しファイルを表示できる様にします。
おそらくRのデフォルトのディレクトリであるユーザー名直下へ移動し、”.Renviron”というファイルを削除した上で、RからCmdStanrをインストールし直すと、筆者の環境では通常通り使用できる様になりました。