2020年5月

macOS 10.15 CatalinaでRStanがまともに動かなくなって苦労したので、CmdStanをインストールしCmsdStanRをインストールして使ってみることにしました。 実際にインストールする上でエラーが生じ。困ったことがあったので、それについても合わせて記載しておきます。 CmdStanとCmdStanRのインストール ①RStudio上でインストールする方法 RStudio上でインストールする場合は、上記のコマンドを一行ずつ実行していきます。 ちゃんと" Finished installing CmdStan to /Users/somemasu/.cmdstanr/cmdstan-2.23.0"とでていれば良いのですが、筆者の場合エラーをはいてしまいどうにもなりませんでした。もしエラーを吐いた場合は、下の「エラーの対処法」を参照してください。 ②ターミナルからインストールする方法 まず、上のサイトから"cmdstan-2.23.0.tar.gz"というファイルをダウンロードし、ダウンロードフォルダに入っていることを確認しておきます。 あとはターミナルで上から順番に上のコードを一行ずつ実行するだけ。 インストールが完了したら、devtoolsからcmdstanrをインストールします。パッケージのインストールが完了すれば利用可能。 ちなみにターミナルからインストールするのは、上の記事を参考にしています。 もしコンパイルなどでエラーが発生する場合は下の「エラーの対処法」を参照してください。 コンパイルできないなどのエラーが生じた場合 まず、キーボードの"Shift"+"Command"+"."を押して、隠しファイルを表示できる様にします。 おそらくRのデフォルトのディレクトリであるユーザー名直下へ移動し、".Renviron"というファイルを削除した上で、RからCmdStanrをインストールし直すと、筆者の環境では通常通り使用できる様になりました。

macOS 10.15 CatalinaにCmdStanRをインストールする方法、エラーへの対処法